Týden poté, co středoškolačka Chisa Yomoda spáchala sebevraždu, od ní někteří spolužáci dostanou záhadný email. Jeden email dostane i její spolužačka Lain Iwakura a v něm jí Chisa vysvětluje, že se pouze vzdala svého fyzického těla, ale dále žije v síti. Pokračuje tvrzením, že je tam s ní rovněž Bůh. Od té chvíle se Lain začne více zajímat o síť a svět okolo počítačů, svět, který ji ještě donedávna nezajímal. Díky svým stále častějším výletům do tohoto virtuálního světa se hranice mezi realitou a virtuálnem začne pomalu bortit.