Filmen fortæller oprindelseshistorien bag en af de mest populære karakterer, Snake Eyes, der er kendt som den stumme, sortklædte ninja i holdet af supersoldater. Som ung bliver Snake Eyes optaget i den ældgamle japansk klan Arashikage, da han redder klanens arving. Ved ankomsten til Japan lærer Arashikage Snake Eyes ninjakrigerens kunst og giver ham samtidig noget, han har længtes efter: Et hjem. Men Snake Eyes' ære og loyalitet sættes på prøve, da hemmeligheder fra hans fortid afsløres.