Den anden sæson af CSI: NY oprindeligt sendt på CBS mellem september 2005 og maj 2006. Det bestod af 24 episoder. Sin regelmæssige gang slot fortsatte på onsdage kl 22/9c. Sæsonen indført en ny regelmæssig karakter, Lindsay Monroe, efter regelmæssig Aiden Burn blev fyret. Vanessa Ferlito, der spillede Burn, ønskede at forlade serien for at forfølge sin filmkarriere.