Die Evangelion Unit-Null, eine im Geheimen hergestellte menschengemachte und hochmoderne Kriegsmaschine, läuft bei ihren ersten Funktionstests plötzlich Amok. Jeder Versuch, ihr noch Befehle zu erteilen, schlägt fehl; und aufgrund der großen Macht, die sie besitzt, sind die Menschen auf dieser Welt in unheimlicher Gefahr. Es stellt sich dabei zunehmend die Frage, zu welchem Zweck Unit-Null wirklich erschaffen wurde?