FLCL: Progressive nos cuenta la historia de Hidomi, una chica de 14 años, su compañero Ide, y dos seres de otro mundo, “Jinyu” y “Haruha Raharu”, quienes están decididos a desbloquear su potencial oculto. En todo esto hay metidos una poderosa fuerza conocida como “ATOMSK”, un estupendo coche clásico y… cierta Vespa.