Une météorite s'abat sur l'île de Sonic. En touchant l'étrange matière de la météorite, Sonic et Eggman se retrouvent chacun dans le corps de l'autre. Eggman, grâce au corps de Sonic, voit enfin une chance de dominer le monde. Sonic, lui, veut retrouver son vrai corps. Mais la tâche s'avère difficile vu que ses amis pensent être avec le vrai Sonic...