À Bogota, les rois de la drogue ont déclaré la guerre au gouvernement. Le juge Juan Silvero, connu pour sa lutte contre la drogue, est tué par Magdalena, le plus puissant baron de la drogue en Colombie. L'équipe de Mission impossible est alors envoyée à Bogota pour démanteler le réseau de ce dernier. Mais Shannon perd la mémoire dans un accident d'avion, et le neveu de Magdalena en profite pour la séduire...