호무라에게 습격당하던 규베를 구하던 도중 실수로 들어온 매우 이상한 공간. 절체절명의 위기에 처한 마도카와 사야카를 구한 것은 한 명의 마법소녀. 토모에 마미. 그 후 두 사람이 초대를 받은 곳은 마법소녀의 방. 그곳에서 듣게 된 것은 큐베에게 선택받은 자에게 부여되는 자격. 마법소녀라는 존재, 그리고 마녀라는 존재. 어떤 소원이든 이룰 기회와, 그 뒤에 기다리고 있는 가혹한 사명. 고민하는 두 사람에게 마미는 '나랑 같이 마녀 퇴치를 다녀 볼래?'라고 제안하는데.