Murder at the Presidio is gebaseerd op het ware verhaal over de enige moord die ooit heeft plaatsgevonden op The Presidio, de oudste en meest geëerde militaire basis van Amerika. Als de vrouw van een sergeant wordt doodgestoken in haar huis, wordt de misdaad door het leger snel en doeltreffend opgelost. Maar commandant James Chandler (Lou Diamond Phillips) van Interne Zaken gelooft de officiële verklaring over de gebeurtenissen niet en start onofficieel zijn eigen onderzoek. Het slachtoffer lijkt toevallig gekozen te zijn, de lijst van verdachten is lang en het onderzoek leidt tot een ontknoping die niemand had kunnen voorspellen. Tijdens het onderzoek maakt James zoveel vijanden en graaft hij zo diep door dat hij moet oppassen dat hij niet zijn eigen graf aan het graven is...
