Het verhaal van CC2 draait om een onderzoeksjournalist genaamd Stanley Mouse, die meer wil weten over de legende van een oude 'kattenstam' die verloren is gegaan in Afrika. Hij vindt ze en nog veel meer, waardoor opnieuw het voortbestaan van de muizenbeschaving wordt bedreigd. Speciaal agent Grabowsky zal echter optreden om de boel te redden. De gebeurtenissen zouden minstens 10, mogelijk 20 jaar na de eerste aflevering plaatsvinden, aangezien een van de reeds gelekte cellen de titulaire Cat-Catcher-mecha laat roesten in een schuilplaats.