Пришельцы из ИИКТ возвращают Черепах, Фуджитоида и некоторых военных Федерации и Республики Трицератонов на Землю. Сплинтер и директор ИИКТ - Морту, оказываются союзниками. Морту раскрывает черепахам, то что он тоже пришелец и решает рассказать историю их расы, погрузив Черепах и Сплинтера в специальные коконы.