ทุกอย่างที่มีจุดเริ่มต้น ย่อมมีจุดจบ... ในบทสรุปอันน่าพิศวงของเรื่อง The Matrix Reloaded นั้น นีโอ (คีอานู รีฟส์) ได้ก้าวไปอีกขั้นหนึ่งในการตามล่าหาความจริง ซึ่งเริ่มต้นด้วยการเดินทางเข้าสู่โลกอันแท้จริง จากจุดเริ่มต้นแห่ง เดอะ เมทริกซ์ ทว่าการแปรสภาพนั้นทำให้เขาต้องสูญเสียพลัง จนหมดสิ้น และล่องลอยไป ณ สถานที่ร้างผู้คน ซึ่งอยู่ระหว่างโลกเมทริกซ์ และโลกเครื่องจักร ในขณะที่ ทรีนิตี้ (แครี่-แอน มอส) คอยเฝ้าระแวดระวังร่างอันไร้สติของนีโอไว้ และมอร์เฟียซ (ลอว์เรนซ์ ฟิชเบิร์น) ต้องต่อสู้กับความจริงที่เผยให้รู้ว่า หนึ่งเดียว (The One) ผู้ซึ่งเขาได้ทุ่มเทความศรัทธาทั้งชีวิตให้นั้น เป็นเพียงระบบการควบคุมอีกระบบหนึ่งที่ถูก สร้างขึ้นมา โดยสถาปนิกแห่งเมทริกซ์